El Club comenzó su desarrollo en este área de manera paralela con el crecimiento de la entidad y el fútbol superior, cosechando también desde los primeros años una serie de títulos importantes.
Y en el tiempo, la modalidad funcionó mediante la Intermedia, Segunda, la Tercera y la Reserva, siendo éstas más próximas al equipo mayor.
En Intermedia, la consagración se produjo en 1921 y 1922. En Segunda, el grito de gloria se produjo en 1939. Y en Tercera, San Lorenzo se quedó con el certamen de 1917, 1927, 1935, 1944 y 1947. Mientras que en Reserva, se consagró en 1924, 1943, 1947, 1948, 1953, 1954, en los Metros 1970 y 1972, y en las campañas 1996/97 y 1998/99.