El Club comenzó su desarrollo en esta área de manera paralela con el crecimiento de la entidad y el fútbol superior, cosechando también desde los primeros años una serie de títulos importantes.
Hasta 1949, ocuparon una función formativa, la Cuarta "A" y "B", y la Quinta "A" y "B". Esporádicamente, la entidad dispuso de Equipos "C" o de la Cuarta Especial. Desde mediados del Siglo XX, el fútbol menor al margen de la Reserva, ya organizó sus categorías entre la Cuarta y Novena División, a lo que se agregó el fútbol infantil a partir de 1985.
En Divisiones Inferiores, el Ciclón ganó títulos en Cuarta División: 1924, 1932, 1941, 1945, 1963, 1982 (Primera "B") y Torneo Especial 1987; en Quinta División: 1934, 1936, 1939, 1967 y 1988; en Sexta División: 1961, 1980, 1982 (Primera "B"), 1986, Torneo Especial 1987, Torneo Clausura 2001 y Temporada 2006; en Séptima División: 1955, 1960, 1964, 1968, 1970, 1992, Apertura 2004 y Temporada 2006; en Octava División: 1950, 1956, 1965, 1969, 1972, 1978 y Torneo Clausura 2000; y en Novena División: 1962, 1963, 1968,1977, Torneo Apertura 1999, Torneo Clausura 1999, Torneo Clausura 2000.
Además, el Club obtuvo la Copa Challenguer 2006 al mejor equipo del año. Inclusive, varios de sus equipos salieron al extranjero y en ese ámbito, su mayor logro resultó la Dallas Cup en Estados Unidos durante 1998.
En Infantiles, el Club sumó 7 títulos entre todas sus categorías, en las campañas de 1995, 1998 (dos veces), 2002, 2004, 2005 y 2006.